日本航空公司的发展历史
第二次世界大战日本战败后，日本政府意识到有需要开设一间可靠的航空公司来协助日本重新增长，因此，日本航空株式会社于1951年8月成立。同年10月25日，日航使用3架西北航空的马丁2-0-2（英语：Martin2-0-2）飞机及西北航空职员开始服务东京至数个国内城市的航线 。
1953年8月1日，日本国会通过“日本航空株式会社法”，成立新的国有航空公司日本航空（JapanAirLines），并承继之前的所有资产。日航的第一架飞机是从菲律宾航空租赁的道格拉斯DC-3，名为“Kinsei”。1950年代，日航共使用Martin2-0-2、道格拉斯DC-3、道格拉斯DC-4、道格拉斯DC-6及道格拉斯DC-7。
1954年2月2日，日航开办第一条国际航线，来往东京及旧金山。 使用道格拉斯DC-6B飞行，中途停威克岛及檀香山，单程机票价格为USD650，每两周一班，航班号码为001。翌年香港和台北同时成为了日航首个亚洲地区航点。1960年接收了首架喷射机道格拉斯DC-8 。不久，日航就开办了多条国际航线 。
1972年，在“45/47体制”下，日本政府颁布了所谓的“航空法”，日航获准以国家航空公司的名义开办国际航线，并被委派开办国内支线与全日本空输竞争。在这年代，日航航线不断增加，因而购买了波音747、波音727及道格拉斯DC-10以应付需求 。日航第一架波音747于1970年4月22日交付，同年7月1日投放檀香山航线。自1984年起，日本航空是全球拥有波音747客机最多的航空公司。1970年代，日航开始增加推销活动，如大量制造飞机模型及其他促销品。日航亦购买了新的波音767并将旧DC-8及波音727退役。
在1965年之前，日航超过一半的收入都是来自往美国的航线，因此日航向美国加强游说给予往东岸的跨大西洋航线的航权 。1978年开办经安克雷奇往巴西圣保罗及里约热内卢的航班，在1980年代中途站改为洛杉矶 ，之后再改为纽约肯尼迪国际机场 。
1970年代末，日本开始考虑取消管制规定，随后在1985年，日本政府宣布取消“45/47体制”。
1987年，日本政府将该公司售出，使日本航空公司再次成为个人私有的公司。政府持有34%的股份。日本另外两间航空公司：全日空及日本佳速航空获准自由开办任何航线与日航竞争 。由于竞争增加，日航的公司架构亦有所转变；日航重整为三个分部：国际客运、国内客运及货运（包括邮件）服务 。
1990年代初，波斯湾战争开始前，日航加派航班协助日本侨民撤离伊朗。1992年，日航开办了“日航包机”，1997年，华特迪士尼公司宣布日航为东京迪士尼乐园的指定航空公司。同年，日本航空快运成立，主要使用波音737客机。1990年代，美国及英国经济衰退，使日航遭遇经济困难。
自1986年，日航每年一直有盈利，直到1992年开始亏损。日航开始实行节流措施，包括设立廉价航空公司日本航空快运及将度假游客转往日线航空（前身“日航包机”）。这些措施使日航于1999年转亏为盈 。
1990年代，日航订购更多波音777客机翻新机队。日航是波音777“WorkingTogether”开发计划八位成员之一，为设计提供建议
2001年，日航及日本佳速航空同意合并。2002年成立了新的控股公司“日本航空系统”（日语：日本航空システム，英语：JapanAirlinesSystem，又译为日本航空系统、日本系统航空，其前身是东亚国内航空），组成了日航集团新的核心。飞机涂装亦被更改以配合新日航集团的设计。合并完成后随即更换公司的标志，名为The Arc of the Sun（太阳のアーク）。从2004年4月1日起，以乘客量来计，日航当时为全球第六大 ；以收入来计，日航当时为全球第三大。
2004年4月1日，日航改名
为“日本国际航空”，日本佳速航空改名为“日本国内航空”。日本佳速航空的航班号码改为日航航班号码，涂装亦逐渐转换。在“JAL - 日本航空”的统一品牌基础上，成立了以Japan Airlines Domestic负责所有日本国内客运业务；Japan Airlines International负责所有国际客运及货运业务的航空公司
2004年6月26日，母公司“日本航空系统”更名为“日本航空株式会社”（英语：JapanAirlinesCorporation）。合并后“日本国内航空”负责日航的国内航线网络，“日本国际航空”则兼负国际航线及国内支线。2006年，“日本国际航空”及“日本国内航空”合并为单一品牌“日本航空” 。
2005年10月25日，日航申请加入寰宇一家航空联盟，并于2007年4月1日正式加入。现时，日航广泛地与其他寰宇一家成员实行代码共享，包括美国航空、英国航空、国泰航空、澳洲航空等。
2008年4月1日，日航将其原有子公司日本亚细亚航空并入主线日本航空。在1975年至2008年间，由于台湾的政治形势，日本亚细亚航空专门飞行日本至台湾的航线[20]。
2009年11月13日，日航2009年第二季的盈利报告和记录达1,312亿日元赤字。传出日航将会申请破产的消息，其联盟寰宇一家宣布一系列拯救行动，同时天合联盟的达美航空亦提出拯救日航的消息，令美国航空将提供日航的资金提升到14亿美元。
2010年1月19日下午，日航向东京地方裁判所申请破产保护，从而进入由日本政府主导的破产重组程序。这是日本历史上金融业外最大的破产案。2月9日，日航宣布将加强与美国航空的合作关系，并将共同申请美日航线的反垄断豁免权。日航和其旗下公司共负债2．32万亿日元（256.5亿美元），申请破产保护后，日本政府持有的企业再生支援机构（ETIC）于2010年向日航注资3500亿日圆，保持日航业务正常运营，并支持日航为期3年的大规模重组计划。
在进行经营重组后，日航自2011年4月1日起重新启用“红鹤”标志。新标志将对旧标志的“JAL”三个字母的字体进行改动，同时，机身侧面将用黑色粗体字写上日航英文名。第一架使用新标志的飞机被命名为“红鹤1号”（日语：鹤丸1号机），机型为波音767-346ER（编号JA654J），于2月28日下午首航执飞羽田—北海道钏路航线。日航旗下的飞机标志将逐步更换，全部更换估计将需要8年的时间。
2011年3月1日，日航的波音747客机正式退役。自1970年启用的波音747客机，最高峰期间（1994－2001年）曾有80架飞机在运营，后由于公司经营情况恶化、飞机油耗过大等问题而被迫退役。日航最后一班使用波音747执飞的国际航班是2月28日从成田机场飞往夏威夷火奴鲁鲁的日本航空76号班机。
2011年3月28日，东京地方裁判所结束对日本航空长达14个月的破产保护程序 。同年7月，日航宣布与澳洲航空合作，组建捷星日本航空。
持有日本航空达96.5%股权的企业再生支援机构（ETIC），以每股3790日圆，出售1.75亿股股份，筹集6630亿日圆（约663亿港元），以退出在日航的投资。日航拟于2012年9月10日定价，并于19日在东京证券交易所上市。
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