大清光绪三十二年，日本明治39年，1906年09月1日关东都督府于旅顺成立，旧址位于旅顺口区友好路59号。前关东总督大岛义昌(日本语:おおしまよしまさ)任关东都督府都督，其职责为"掌握管辖关东州，保护管理南满铁路的有关事务"。关东都督处理外交事务时，受外务大臣的监督;处理军政事务时，受陆军大臣的监督;处理有关作战事宜和军队教育问题时，分别受参谋总长和教育总监的监督。因此，关东都督府成立后，集军政大权于一身的关东都督同外务省等各有关部门之间，因争夺权势而经常发生矛盾。
关东都督府成立以后，根据《关东都督府法》建立了隶属于关东都督府的关东州高等法院和地方法院。关东都督府下设陆军和民政两部，陆军部统率派驻在东北各地的日本军队，民政部掌管关东都督府辖区内除军事事务以外的一切行政事务。民政部统辖大连、金州、旅顺3个民政署，以民政署长为行政区的地方行政长官。因金州行政区较大，金州民政署又细分为普兰店、貔子窝2个民政支署。1908年10月，金州民政署降为民政支署，隶属大连民政署。普兰店、貔子窝民政支署降为出张所，隶属金州民政支署。