商船会馆在南市区马家厂，今会馆街28号，创建于清康熙五十四年（1715年），沪上沙船业各帮船商集资建造，为上海最早的会馆建筑，有大殿、戏台等。乾隆二十九年（1764年）重修，添建南北两厅。嘉庆十九年（1814年）建看楼，道光二十四年（1844年）建拜厅、钟鼓楼、后厅。同治元年（1862年），英法军队入城协防抵御太平军，在商船会馆内驻扎，撤防后，为江南制造局使用，殿宇多毁。同治七年重修，光绪十六至十八年（1890～1892年）因飓风损坏戏台，进行修理，并维修其他建筑。
清光绪三十三，年商船会馆董事等筹款创设初等小学于会馆内，宣统二年（1910年）增办高等小学。商船会馆之门头，较为高大，墙面贴方砖。戏台较古朴，为石柱，八角形藻井，以八块木板拼成，施彩绘，乃宋代式样，称“斗八藻井”。大殿巍峨宏敞，前设抱厦，面阔五间，单檐歇山式，屋脊高耸，正脊有“国泰民安”四字，垂脊上多塑文臣武士。大殿正中神龛置天后像。殿前左右侧有楼房，作办事、议会之用，东北部的房屋，原有商船公局，办理商船出0-捐，管理浦东浦西之沙泥荡地等事，还附设承善堂，办理水手伤亡抚恤事宜。
建国后，商船馆一度驻有部队，大殿为街道办托儿所、幼儿园，一部分作为海运局职工宿舍。“文革”中，这一建筑群改变甚大，但大殿、戏台等尚保留原有结构。
1959年公布为上海市文物保护单位。