黑龙江倭肯河自然保护区属于“自然生态系统类”中的“内陆湿地与水域生态系统类型”的自然保护区。保护区位于黑龙江省七台河市，倭肯河中上游。地理坐标为：45°56′48″～46°03′26″N，131°01′31″～131°15′24″E。保护区北隔金沙河与桦南林业局相邻，东、南、西三面与七台河市种蓄场相接壤。保护区东西长17.8km，南北宽12.6 km，总面积为7387 hm2。保护区共分三个功能区，分别是核心区面积2607 hm2；缓冲区面积2606 hm2；实验区为面积2174 hm2。
保护区内分布着大面积原生性的沼泽湿地生态系统，主要类型有森林沼泽、灌丛沼泽和草本沼泽等。保护区共有高等植物125科290属495种，有国家Ⅱ级重点保护野生植物5种，即紫椴、黄檗、水曲柳、野大豆和莲。保护区共有脊椎动物336种，国家Ⅰ级保护动物4种，东方白鹳、丹顶鹤等，还有马鹿、花尾榛鸡、鸳鸯、松雀鹰等国家Ⅱ级保护动物40种。倭肯河省级自然保护区是三江平原地区保存完整、面积较大的沼泽湿地，野生动植物资源十分丰富，是重要的野生生物种源基地和基因库，是一处天然的动植物园和理想的科研、宣教基地。