巨野教案遗址位于山东省菏泽市巨野县麒麟镇磨盘张庄村内。教堂及附属物系巨野教案后德国人用清政府赔款重建，1966年全部拆除，仅存水井1眼。据群众回忆实测，教堂占地1807平方米，建筑面积558平方米，有礼拜堂、客厅、卧室、更衣室、传达室、储藏室、伙房、马棚等。
当时在磨盘张庄的德国传教士薛田资，横行乡里，借端讹诈，霸占田产，包揽词讼，0-、骗卖妇女，激怒了当地群众。光绪二十三年(1897年)十一月一日夜，二三十人手持钢刀和红缨枪，闯进教堂，要杀薛田资。适在阳谷、郓城一带传教的德人能方济、韩·理加略到此，薛将客厅、卧室让出，自己住进门房，造成误杀。
德帝国主义者以这一事件为借口，威逼清政府于光绪二十四年签订《中德胶澳租界条约》,德帝国占领胶州湾，山东沦为德国势力范围。列强援例效尤，掀起了瓜分中国的狂潮。