甘肃简牍博物馆是在省委省政府领导的亲切关怀下，由甘肃省机构编制委员会于2012年12月12日批准新设的省文物局下属的县级事业单位。核定事业编制20名，主要承担甘肃出土简牍的收藏保管、保护修复、整理研究和展示利用等职责。原甘肃简牍保护研究中心的职责并入甘肃简牍博物馆。
1907年和1914年，英籍匈牙利人斯坦因（Marc Aurel Stein 1862—1943）第二、第三次中亚考察,先后在敦煌至酒泉、张掖、额济纳旗一线汉塞烽燧掘获汉简3000余枚，被誉为上世纪出土文献的四大发现之一。1930年至1931年，中瑞西北科学考查团成员瑞典考古学家贝格曼在两汉居延地区发现汉简11000余枚，是当时中瑞西北科学考查团的重大收获。1949年后，又先后发现武威《仪礼》简、医药简、王杖简460多枚，居延新简（甲渠候官）8400多枚，肩水金关汉简12000余枚，敦煌马圈湾汉简1200多枚，甘谷汉简20多枚，天水放马滩秦简460多枚，悬泉汉简23000多枚，水泉子汉简600多枚，黄家湾晋简30多枚。此外，还有一些零星的吐蕃文、西夏文的木牍。甘肃是汉简大省，不仅出土数量多，而且在近世以来发现最早，研究历史最长，是研究历史、文化、丝绸之路、中外关系、西北边疆的中外学者奋力耕耘的重要领域。
甘肃简牍整理研究的专门机构始自1986年。甘肃省博物馆和甘肃省文物考古研究所分设后，“汉简整研室”是甘肃省文物考古研究所的一个内设机构。曾先后在此工作过的同志有：初世宾、薛英群、吴礽骧、何双全、马建华、张俊民、张德芳、柴生芳、王元林等。
从2005年开始，甘肃简牍的保护整理和研究利用问题受到省内外社会各界的强烈关注，政协委员、人大代表连年提出提案和建议，希望有关部门重视和加强甘肃简牍保护利用的力度，充分发挥甘肃简牍作为特色优势文化资源的应有效益。2007年，省编委批准在甘肃省文物考古研究所加挂“甘肃简牍保护研究中心”的牌子，增加事业编制8人，专门承担甘肃出土简牍的保护整理和研究利用等职责，并在用地用房以及经费问题上加以支持。
“甘肃简牍保护研究中心”成立后，甘肃简牍的保护整理研究等各方面工作上了一个新的台阶。一是开始进行全面保护，对长期浸泡在水里的放马滩秦简进行了脱水、脱色、整形、灭菌、加固、封装等工作，对河西出土的汉简已经或正在采取有效措施，进行科学保护；整理工作取得很大成绩，初步文字释读已全部完成。延滞四十年之久的《肩水金关汉简》陆续出版，现已出版壹、贰、叁三册，使之进入了学术研究领域。2014至2015年,全书五册将全部出齐。《悬泉汉简》的整理释读工作也已基本完成，从明年开始陆续出版，力争在几年之内出版完毕。甘肃简牍研究中心还多次组织简牍学专家赴居延、敦煌等汉简出土地实地考察，召开了甘肃省第二届简牍学国际学术研讨会、居延遗址和丝绸之路国际学术研讨会，出版了专门的论文集《居延敦煌汉简出土遗址实地考察论文集》、《甘肃省第二届简牍学国际学术研讨会论文集》（均上海古籍出版社2012年版），陆续同西北师大合编《简牍学研究》，并发表论文近百篇。
随着中共十七届六中全会精神的贯彻落实和甘肃省委省政府“华夏文明传承创新区”建设战略的提出，在“甘肃简牍保护研究中心”的基础上成立“甘肃简牍博物馆”，使简牍这一特色文化资源在全省经济文化建设中发挥更大作用，已成为各级领导和社会各界的共识。目前，“甘肃简牍博物馆”的建设已被列入全省“华夏文明传承创新区”建设的重大项 ，得到省委省政府的高度重视和国家文物局的大力支持。正在积极开展选址、立项、建馆和制定保护、整理、研究和展示利用的中长期规划。力争在三年之内建成一座规划科学、设计先进、功能齐全的现代化专业博物馆，为甘肃文化建设增添一座标志性建筑。