公元1181～1189年间，止贡巴·仁钦贝造其弟子巴登向秋能巴由西藏止贡替寺赴八邦传演止贡噶举教义，并主持修建了八邦寺的前身一二兄里寺大殿上座，在太殿邻近的两个山头分别建起“着郎干”讲学院和“五且”坐经院。寺庙举行法会，则集合僧侣在曲池西（今乡政府驻地）讲经授法。16世纪中叶，兄里寺被一名叫“阿热”的炊事僧人失火焚毁。清初，从西藏阿里云游至德格的萨迦高僧赤称俄热看中了八邦“三象戏水”的奇丽地形，在荒芜的兄里寺原址建起一萨迦寺庙，但因规模不大，僧侣不多未获发展。
清雍正六年（1728），出生于德格龚垭阿洛定日岗的噶举名僧，被嘎玛第十世-盖西多吉认定为昌都嘎玛寺第八世司徒-的司徒·曲吉龚勒于28岁时征得土司登巴泽仁允准，以龚垭班党寺为母寺，在原兄里寺地址亲自主持修建起噶玛噶举派的八邦寺；并在法王登巴泽仁的挽留下担任了八邦寺主持，被尊称为八邦寺第一代司徒-。此后，历代转世的司徒-均任八邦寺主持，不再任昌都嘎玛寺主持。
八邦寺建成后矿在政教上都获较大发展。寺庙自称“国师庙”，以元代所封国师噶玛拔希（德格汪布顶人）曾任兄里寺主持，历代供奉元宪宗赐与噶玛拔希的金边黑帽。《旧西康省康属概况》记，第八世司徒曾得授朝廷“四宝法王”称号并划拨德格土司人民，土地一半与八邦寺。乾隆年间，乾隆皇帝亲笔书写“祈祷番根大益司徒”横匾赐予寺庙并两次诏请第八世司徒·曲吉龚勒赴京讲经民国时飒，-政府亦十分重视八邦寺在藏区的政教影响。1938年，刘文辉聘任司徒-为“五明学院”的康北宣教师，德格县政府则安置司徒为县参议会副参议长。1940年，八邦寺清真一行8人应邀赴重庆参加“抗战胜利祈祷法会"，蒋介石厚赠礼品并与清真等一行合影留念。八邦寺为德格土司第一家庙，在维护和巩固政教合一的土司统治中有举足轻重的位置。寺庙享有较高的政治特权，司徒-有权参加德格土司最高行政会议，土司辖区有关政治、经济、军事、文化等重大活动，制订重大政令，大小头人的升迁，以至土司嗣位大事，德格土司均要征得司徒的意见并认可。同时，德格土司又以法王的身份号令八邦寺。近百年来，八邦寺苘僧云集，宗教人才辈出。许多-、-均为研习“五明学”多有建树的著名学者，留下不少内容从佛学到天文学、诗明学、文学、医药学、文法、历史、绘画等学科的著述。如第八世司徒·曲吉龚勒的《印度旅行记》t《诗学的解释与参考》、《司徒文法广释》、《如意藤标签》、《自传图名术》，尼麦曲杰翁波的《捉鬼记》、《花园里蜜蜂的遭遇》，贡珠·颜登降错的《知识总汇》、白马德西翁波的《自传全集》，以及八邦寺近现代名僧降央部杰嘉措、降根洛珠塔颜、斯郎热登戈日降巴、白马根绒、巴登青则俄色等人的著述均为涉及学科广，颇有造诣和具有很大影响的优秀作品。
八邦寺分母寺、于寺（分寺）两部分，母寺有大、小经堂各1座，设讲经院1所，设纳若、根仁、党母3所坐经院。子寺有100多座，主要分布在青海、云南和四川甘孜州地区。寺庙设司徒、贡珠、清真、温根4个-转世系统。解放初统计，全寺有僧侣725人，其中-4人，外地留学-2人，堪布5人，职事-18人，一般-83人，扎巴613人；有森林、牧场近4000平方公里，有耕地2000余亩，牲畜4·3万头（只），科巴（农牧）1000多户，从事大宗的商业和0经营；寺庙文物有大型镀金泥塑佛像7座，各类红黄铜菩萨9835尊，各个历史时期唐嘎画10150幅，经典32400部，木刻印版129845张，纯金誉写的 甘珠尔》1套，其它佛具和各个历史时期的诏书、印章等近5000件。
解放后，废除了八邦寺的政治和经济特权。“文革”期间，“造反派”开展“破四旧”活动，寺庙部分房屋被占用，寺庙财产、文物受到很大损失。1981年以后，寺庙建起16人组成的寺庙管理委员会，筹集资金修复了寺庙，逐渐发展寺庙自养经济。1988年，寺庙大殿维修竣工，新塑高15米、宽5米的弥勒佛铜壳塑像1尊，建起佛学院1所，恢复了"纳若"和"根仁"2座坐经院。全寺有僧侣375人，其中-4人（尚在印度），堪布3人。寺庙自养经济主要开展采药制药、商业、雕塑、绘画、建筑、养畜、印售经书等活动，年收入5万余元。
保护范围：东至“通天梯”及“坐来直普”靠岩石处，南至水磨房刻玛尼石房，西至“多泉房”及“屠宰沟”，北至“顶领圣佛”草坪
建设控制地带：在保护范围的基础上向南延伸5米，向北延伸7米。