南澳岛上，寺庙可不少。就明朝陈天资《东里志》等史书记载而言，最早佛门就是创自宋朝的云盖寺（原称三宝寺，明重修时易名）。它已于1992年8月15日由县政府公布为第二批文物保护单位。自1985年起历经16载，由住持释通教尼师艰苦备尝，募资重建扩大，于2001年10月5日落成开光。
明万历二年（1574）陈天资《东里志·疆域志》载曰：“云盖寺在南澳之东南，宋时所建，石上有‘紫云华盖’四字”。明朝时，因云盖寺遐迩闻名，故也成为寺下数村地域总称，后才简称为“云澳”至今。
古刹不知几经浮沉，明季海盗交汇，寺遂荡然，后重建。相传最盛时有梯式而上堂宇9座，因僧不道受剿，拆存后座观音院（即今址）。十年“文革”中的1966年冬，“革命造反派”上山闯寺剿毁文物，连香案也扛走，并驱逐尼师，令古刹一片凄凉。4斤重的鉎质僧盂等皆丢失。
1976年，“文革”乱歇。1980年起尼师归寺。1985年志，幸得香港定因法师、新加坡惟泽、惟坚尼师等首先资助，不断修葺、重建、扩大古刹。
2000年新创山门，进入前门楼，右边向海高墙上中间，屹立着一座重建一新的妙香亭，夏日花开，清风徐来，着人神爽。闲坐其中，窥望窗外，则见官屿浮于天上，宋井所在海滩林涛青翠，引为奇观。与亭隔一空埕的大殿，是全寺之中心，人们往往以为它是“大雄宝殿”，但大殿内佛龛，主奉的不是释迦牟尼佛，却是观音，十分特殊，相传这是缘于古刹原9座堂宇被拆存这观音院之故，它于1999年农历五月十七日动工重建，十二月竣工。重建一新的云盖寺，坐东北向西南，建筑面积约700平方米的千年古刹。
大殿两厢，新筑房舍，东者为楼，西者平房。有后门楼（与前门楼相对），路通山峦，别有天地，近有嶙峋石岩，下涌泉不息，古树遮掩。