马站遗址位于怀来县小南辛堡乡小古城村北约1000米的妫水河（现称官厅水库）黄砂土质的淹没线内。
遗址区北距怀来县政府所在地沙城17公里，东北距京包铁路妫水河大桥1500米，南距小南辛堡乡政府所在地和东西通过的康祁柏油公路2000米，再南约3000米处是军都山脉。
该遗址东区长约500米，南北宽仅存30米，遗址北部浸入湖水中，当时的可见面积约15000平方米。遗址地表散落着泥质灰陶，泥质黑陶，泥质褐陶，夹砂灰陶，夹砂褐陶五种陶片和磨制精细的石器。因未见断面，遗存的文化层厚度和层位堆积情况不详。
1982年7月，被河北省人民政府公布为省级文物保护单位。