藤花落遗址位于连云港市连云区中云办事处西诸曹居委会南部，处于南云台山和中云台山之间的冲积平原上。
藤花落古城由内外两道城垣组成。外城平面呈圆角长方形，由城墙、城壕、城门等组成，面积约14万平方米。南北长435米、东西宽325米、城周1520米。墙宽21～25米、残高1.2米，由堆筑和版筑相结合筑成。内城有城垣、道路、城门和哨所等。内城平面呈圆角方形，面积约4万平方米。南北长207～209米、东西宽190～200米，城周806米。墙宽14米、残高1.2米，主要由版筑夯打而成。内城墙体夯土中均发现非常密集而又粗壮的木桩。外城为生产区，外城垣有明显的防洪功能。内城为生活居住区。在内城里发现30多座房址，分长方形单间房、双间房、排房、回字形和圆形房等各种形状。门大多朝向西南，与现代民居方向一致。房址有等级区分。其中最大的一座平面呈回字形，外间面积达100平方米，内间面积31平方米，应是一座与宗教、祭祀或其他大型-活动有关的建筑设施。此外还发现水沟、水口、水坑、水田等与稻作农业生产有关的遗址。发现炭化稻米数百粒，与现代栽培稻极为相似。
藤花落龙山文化遗址，出土了石器、陶器、玉器以及各类动物遗骸标本。生产工具有斧、锛、刀、镞、凿等各类石器形式多样，且大部分磨制极为精细。玉器仅发现小件锛、坠、锥形饰和六棱形水晶柱状体等。陶器有鼎、罐、盆、盘、豆、杯、器盖等。动物遗骸有猪、牛、梅花鹿等，而不见贝类等海洋生物遗骸，也很少见有鱼骨。陶器有夹砂陶和泥质陶，陶色有黑、红、褐、灰、白、黄等。从纹饰风格看，以素面为主，有弦纹、附加堆纹、绳纹、方格纹、篮纹、刻划纹、竹节纹、盲鼻、镂孔等，其中绳纹、篮纹和方格纹较多。
藤花落遗址距今四千多年，主是为龙山文化时期遗存，局部有岳石文化的遗存打破或叠压在龙山文化层之上。藤花落遗址是一座处于龙山文化最南缘的城址，是江苏省迄今发现的第一座史前城址，是目前我国发现的最重要的、最典型的龙山文化城址之一，也是我国迄今发现的首座具有内外两重城墙结构的史前城址。它对于整个龙山文化城址的研究乃至对文明的起源、城市的起源和国家的起源等重大学术课题的研究均提供了具有非常典型意义的实物资料，对研究中国史前城址的平面布局具有重要意义，同时对海岱地区的古文化和中国文明的起源研究具有重要价值。
2006年藤花落遗址作为新石器时期的古遗址，被国务院列入第六批全国重点文物保护单位。