能仁寺位于涟水县城中山路西首，距淮安市-纪念馆约30公里，南濒碧波荡漾的古黄河，东依风光旖旎的涟漪湖，西临通贯南北的宁连高速公路，昔日誉为“涟水八大景点”之一。能仁寺始称“文殊院”，后改“承天寺”（又名“承天院”），宋仁宗时易名为“能仁教寺”，简称“能仁寺”，此名一直沿用至今。该寺始建于唐初，距今至少有1300多年历史；寺内妙通塔，始建于公元1023年，至今已有980多年历史。
据清雍正本《安东县志》载：“妙通塔，在能仁寺内，宋仁宗敕建，卧佛藏舍利处．．．．．．浮屠七级，皆砖石砌成，内中并无寸木支柱。顶上望黄河如线，间放光明，照耀数十里，远近男妇皆见之，真法林之胜迹也。”另据康熙本《安东县志》载：“能仁教寺，宋天圣元年敕建，旧名承天寺，即娄道者征道之所。祥符间赐额能仁寺，塔曰妙通，藏道者舍利。”可见，
涟水妙通塔和能仁寺与一般塔、寺不同：一是由皇帝御赐名字和匾额，二是宝塔建筑结构工艺奇特。这些，都与宋时高僧娄道者的因缘经历密切相关。
娄道者，姓娄，名守坚，他自号“道者”，世人便称其为“娄道者”，宋初涟水丁湖口（今涟水红窑镇朱楼村庵圩组）人。生于宋太祖建隆元年（960年），圆寂于宋真宗乾兴元年（1022年）。据天启元年《淮安府志》本、清康熙三十七年《安东县志》本、《证因大师成道记》等载，娄守坚出生时就有奇异征兆，因生性皮顽，“嬉笑无节，目大口方”，幼时即被乡人称为“弥勒佛”。少时随父兄业渔，后被送承天寺为僧，通医。在承天寺10多年-，能知人休咎，助人消灾，一时名声大振，远播四方。祥符三年（1010年）五月朔，皇太子（即后来的宋仁宗）生，“昼夜啼，诏天下能止啼者”进宫诊治，涟水承天寺僧人娄道者应诏，治好太子夜啼，真宗帝大喜，赐号“证因大师”，让他回涟住持承天寺，并赐以御偈、金器等物，偈曰：“慧目朗然，烛天之秘。保朕皇储，以克永世。号称证因，恩光尔被。”
天禧五年(1021年)冬，泉州兴化人方偕任涟水知军，证因大师闻其不信佛事，便对徒弟说：“缘尽矣。”遂于乾兴元年（1022年）正月十一日“侧卧而化”(世人因此亦尊称其为“卧佛”)，乡人将其衣物葬于古黄河侧岸，名“卧佛岗”。又在寺内建小塔，将舍利藏于塔下。
宋仁宗天圣元年（1023年），仁宗诞日，太后语及止啼时事，仁宗便诏令道者，而此时道者已圆寂。仁宗感其恩，遂敕其家乡涟水建塔，以藏卧佛舍利，赐名“妙通”，改“承天寺”为“能仁教寺”，并为道者加谥“蹈宝华如来”。
妙通塔与连云港阿育王塔同建于宋仁宗天圣元年（1023年），据民国时期留下的塔照及考证，其整体建筑遵循宋代《营造法式》的规制，结构严谨精巧，用材简洁合理，是中国传统建筑的楼阁式，高60多米，七级八面，内无寸木支柱，皆砖石砌成，巍峨雄伟，古朴凝重。地宫内的八角形塔基与藻井，方形宫室以及仿木建筑的倚柱、斗拱等，都具有宋代的形制特征。其主体风格与河南郑州开元寺塔基、河北定县静志寺塔基相近，属于宋代早期建筑。宋英宗治平四年（1067年），庆徽方将祖师证因的骨灰安葬于塔内。
1998年6月，挖掘妙通塔地宫时出土的石碑碑文载：“敕赐承天院造塔记
皇宋治平四年岁次丁未甲辰月辛亥日安葬/祖师证因大师娄道者砖塔内佛牙舍利具录/宋朝宣赐金字牌院额事件等一奉两朝/圣恩宣诏证因大师入内供养一奉太宗皇帝淳化三年正月内宣赐御制御书偈子一首/御制秘藏诠三十 卷御制逍遥咏一十一卷次遇/真宗皇帝于景德四年十一月内宣赐御制御书偈子二首并在本院收管永为纪录。”证因大师，两次奉诏“入内供养”，荼毗后，仁宗又为其建塔，并赐塔名和匾额。一个僧人，受到三朝皇帝如此尊崇，实属罕见！
妙通古塔建成后，能仁寺亦整修一新，建有大雄宝殿、卧佛殿、韦驮殿、藏经楼、观音阁等，气象雄阔，美轮美奂。由于妙通塔是皇家敕建，藏有高僧舍利，能仁寺也就成了苏北一方著名的丛林，从宋到清，高僧云集，群贤毕至，梵音余袅，香火鼎盛。明清时期著名禅宗大师嵩乳道密、南庵大依等都曾在这里进行过佛事活动。苏东坡、米南宫及历代漕抚、知府等的游足络绎不绝，文人墨客留下的诗词歌赋不胜枚举，如明朝诗人王启运《能仁宝塔》诗云：“中挂涟城半壁天，晓昏青锁万家烟。西归卧佛何时醒，百丈浮图斗气连。”
能仁寺跨越千载，历尽无数磨难。民国时期，战争频仍。1946年，内战爆发后，由师长张灵甫指挥的-王牌军整编第七十四师两次攻打涟水城，粟裕领导的华中野战军，凭借南门外的古黄河大堤和能仁寺中的妙通塔，与其决战二十多个昼夜，致使七十四师伤亡惨重。据说张灵甫怪罪是妙通塔显灵保佑了粟裕部队，妙通塔因此名噪一时。根据长篇小说《红日》改编的同名电影和电视剧，都有张灵甫在能仁寺妙通塔下留影的特写镜头，给观众留下深刻印象。1948年7月，妙通塔不幸毁于兵燹，能仁寺也随之消失。
1992年8月，涟水县决定复建能仁寺、妙通塔。1998年6月，有关人员对妙通塔原址进行勘探，在塔下发现地宫。地宫为正方形，长宽约1.3米，高约2米。劵门朝南，高1.45米，宽0.5米，进内有七级踏步，里面三道拱门，最里一拱门只有0.536米高。地宫内四周有角柱，顶部有八角藻井，井中央镶有一面直径约0.25米的莲花纹铜镜，上刻铭文“千秋万岁”。地宫北壁有供台，台上放置一石函，石函上雕刻有《高僧说法图》等精美图案。石函内随葬有黄金凤钗、水晶、玛瑙和宋代青白瓷瓶、色彩斑斓的玻璃瓶及大量钱币等。妙通塔地宫东侧靠墙置造塔记碑一通，碑首题额“敕赐承天院造塔记”，碑上刻有碑文，清晰可辨。尤为珍贵的是，石函内有银椁，银椁内还放有一金棺，金棺内放有佛牙、舍利。同时还发现一圆形银盒，里面放有骨灰。据清理情况分析，银盒内的骨灰应是证因大师的“生身舍利”，金棺内的佛牙、舍利应是“法身舍利”。海内外媒体对此作了广泛报道，引起轰动。原全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初了解妙通塔出土文物的有关情况后，非常重视，住院期间欣然为“妙通塔”、“能仁寺”题写了匾额。
妙通塔于1999年6月1日开工复建，2002年4月建成。复建的塔基直径22米，塔高68.88米，塔总建筑面积1719平方米。地上七层，塔内置佛像68尊；地下一层为地宫，面积400平方米，用于宋代珍贵文物的展出。
能仁寺，于2004年8月复建，2007年10月建成。占地48.8亩，总建筑面积9645平方米。建筑布局规整，左右对称。主要建筑分布在中轴线上，由南至北，依次是天王殿、妙通塔、大雄宝殿、卧佛殿、藏经楼、方丈楼。天王殿前是照壁，壁上嵌“慈航普渡”四个大字。山门（即天王殿正门）两边是能仁寺住持曙正法师亲手题书的对联：“童真入道安邦护国度群迷，菩萨化身辅正摧邪弘圣教”。门上方悬挂的“能仁寺”匾额，系已故中国佛协会长赵朴初题写。寺院内，天王殿东侧是钟楼，西侧是鼓楼。妙通塔东侧有两殿：南文殊殿，北观音殿；西侧有两殿：南普贤殿，北地藏 。大雄宝殿东侧是伽蓝殿，西侧是祖师殿。卧佛殿东侧为兴涟阁(系涟水县佛协办公处)。藏经楼东侧是法堂，西侧是讲堂。方丈楼东侧是戒堂，西侧是律堂。寺院内西侧有围墙相隔的是生活区。