方塔天妃宫是现今上海地区唯一幸存的妈祖庙遗迹，1978年，因市政建设影响，从上海市河南路桥桥堍迁建于方塔园。它坐落于方塔园中心广场的东北隅，大殿俊秀，飞檐翼角，基座坦荡，气势恢宏。面积为330平方米，高17米，砖木结构，雕刻精致华丽，体现了晚清建筑的特色，殿内悬有当今书法家吴健贤、陈佩秋、周慧珺等书写的匾额、楹联。
1993年10月，方塔天妃宫被公布为松江县文物保护单位。原为方塔园茶室。2001年，方塔天妃宫进行了大修。2002年，方塔天妃宫浦江妈祖文化内涵及其设施得以恢复，并于同年9月28日举行了“浦江妈祖开光典礼”和“上海方塔天妃宫开放仪式”。