南方澳中有三个渔港：第一渔港，即“南方澳渔港”，于日据时代所建，是南方澳最早期的渔港，渔港对面的南天宫则为当地的信仰中心，而南方澳渔港的底端则有许多快炒店、海产店等，让民众能一尝新鲜的海味。
第二渔港，即“内埤渔港”，于民国44年兴建，为三个渔港中最小的，每天的下午3点至5点，会有各地涌来的鱼贩在市场中叫卖，游客也可加入行列，以便宜的价格就可以买到新鲜的海鲜。
第三渔港，兴建于民国54年，相对于前二个渔市场，位在第三渔港边的第三渔市则显得冷清多了，目前供大型围网渔船及远洋渔船停泊；除了丰饶的渔业发展之外，珊瑚加工业也曾在这个小渔港盛极一时，后来因采收过度逐渐没落，但目前港边道路上依旧留有数家珠宝珊瑚，琳琅满目供游客细选精品。
南方澳跨港大桥
南方澳渔港为南方澳的发展重地，南方澳市区依码头环绕而成，以往从北岸到南岸，都要绕过一大圈，但是自从圆弧形跨海大桥在1998年完工，成为亚洲第一座单梁悬吊式钢桥，白色的桥身、简洁的造型，横跨渔港航道，南方澳就形成一个圆环形状，车行可直接环绕市区，让居民及游客方便许多，而跨海大桥也成了观光景点，更是当地的骄傲。
南天宫妈祖庙
南方澳是一个天然渔港，居民多以捕鱼为业，公元1946年居民因感念妈祖显灵相救，遂于1950年腊月筹建南天宫妈祖庙，并于1952年完成大殿，1956年(民国45年)11月18日全庙落成。
公元1990年（民国79年）请来20多名师傅打造全世界最大的一尊金身妈祖神像（全身皆为纯金打造，重达200公斤）民国84年9月10日子时安座，吸引许多人来此朝拜，香火鼎盛。