十三碑亭位于孔庙第六进院落的东西两门之间，奎文阁后，专为保存封建皇帝御制石碑而建，习称“御碑亭”，亦即大成门前东西两侧院内。道南8座，道北5座，参差错落，两行排列。十三碑亭均为木构，呈正方形，重檐八角，彩绘斗拱。
十三碑亭充分体现了孔子在封建社会的地位，其中金碑亭为孔庙中最早的古建筑。十三碑亭中，矗立着唐、宋、元、明、清各个朝代的各类御碑55方。中金代碑亭2座，约建于金明昌二年至六年的大修工程中，是孔庙现存最古老的建筑；元代碑亭2座，分别建于元大德六年和元至元五年；清代碑亭9座，其中御制碑亭5座，遣官致祭碑亭4座，分别建于康熙、雍正、乾隆年间。