南京天妃宫主要有三处：一在江东门外上新河北岸，一在安德门外大胜关，这里指的是在下关仪凤门外狮子山下的“弘仁普济天妃之宫”，简称龙江天妃庙、下关天妃宫或天妃宫。据《俭陵玄观志》记载，天妃宫依山腰而建，前至山麓，有龙江白宫前流过。宫内有正殿后殿、雨廓廊庑、三清殿、玉皇阁等建筑，宫后还植种了婆罗树。其中，在西侧廊庑中，还绘有郑和航海途中所见到的海中灵异。宫中的玉皇阁、宝盖珠幢，高可见江，与远近帆樯相映。
明朝初年，因朝廷加强了与海外的联系，遣使各国日渐频繁。为保海上航行平安，祈求海神天妃的活动较前更为兴盛。关于郑和在出使西洋的途中，屡求天妃救助，所谓化险为夷的事也有所记载。如《皇明大政记》和《明会典》中就有“永乐五年(1407年)九月戊午，建龙江天妃庙成。命太常寺少卿朱焯祭告。太监郑和使古里、满刺加诸番国还，言神多感应，故有是命”。宫庙建成之后，“每岁从正月十五日，三月二十三日，遣南京太常寺官致祭”。另据《明成祖实录》和《湄洲屿志略》己载，永乐七年正月，御封天妃为“护国庇民妙灵昭应弘仁普济天妃”，并赐额此宫。永乐十四年(1416年)四月，明成祖朱棣撰写了《御制弘仁普济天妃宫之碑》立于宫中。
关于天妃宫的始建年代，由于文献史料的记载互有出入，故今人亦说法各异。一说始建于永乐五年，为郑和第一次出使西洋归来之际；另一说以为始建于永乐十四年明成祖朱棣御书碑文之时。今据《御制弘仁普济天妃宫之碑》考证，碑文在记叙了“建庙于都城之外，龙江之上，祀神报贶”之后，又写到“自是以来，神益显休应，视前有嘉……爰书其事，建碑于宫”。可见，建宫和立碑，并不在同一时间，理应建宫在前，立碑于后。永乐五年九月，正值天妃宫建成之际，郑和第一次下西洋远航平安归来，明成祖朱棣在听取了郑和船队在途中蒙天妃庇佑、化险为夷的经过之后，遂即遣官到落成的天妃宫致祭以“祀神报贶”。由于天妃宫建成以后，所谓天妃灵应，屡显不已，神之功德，视前有加，才有明成祖朱棣于永乐十四年亲撰碑文，在天妃宫镌立碑记一事。而在这之前的永乐七年，明成祖曾御赐此宫宫额，足见天妃宫早已于永乐十四年以前建成。因此，天妃宫的竣工年代，应为永乐五年九月。
《御制弘仁普济天妃宫之碑》，又称《天妃宫碑》，是国内现存最大的郑和下西洋刻石。碑高4.63米，宽1.51米，厚0.53米。龟趺碑座，0已残，龟趺高1.17、残长3.10米。碑额上篆书“御制弘仁普济天妃宫之碑”十一字。碑额上浮雕二龙，互相缠绕，龙头各在碑额的两侧，造型生动，雕刻精美。碑文正楷，20行共708字。此碑久经风雨剥蚀，碑身已有裂痕。少数字迹已漫漶，但大都仍清晰可辨。