慈云禅寺创建于宋咸淳(公元1265-1274年)年间。明正统中(1436-1449年)重建，旧名广济寺。明顺年间(1457-1464年)赐今额。中有浮屠五级，相传三国赤乌13年(250年)初建，明万历五年(1577年)寺与塔均重建。自明万历至汪康熙、乾隆、道光历朝多次增建殿宇堂轩，成为吴江市(区)内规模较大的佛教寺院，历代高僧辈出，明有道泽、慈林，清有净眼、超伟法师及断手誓修天王殿的化主天衣僧。古刹名寺历来文人游踪不绝，留下诗篇甚多。清金圣叹留别诗：“震泽多精舍，慈云师子林。家私唯古佛，眷属总玄心。后汉人何在？微言乃至今，相逢随欲别，舍此更何寻？”
清咸丰十年(1860年)寺毁于兵燹，唯塔独存。民国十三年(1924年)信女徐毕氏捐银八千，重建大殿三楹。十七年又修慈云塔，为震泽八景之一“慈云夕照”。塔左有纪念大禹治水的拱形石桥，与塔互成呼应，构成水乡古镇特有的自然景观。慈云寺塔为江苏省文物保护单位。慈云禅寺于60年代末，佛地蚕蚀经受历史风云，毁寺扩厂，面目全非。
经吴江市(区)人民政府批准，同意恢复慈云禅寺，旨在恢复佛教寺院，弘扬宗教文化，完美名胜古迹。仰望各界人士，同心协力热情赞助。震泽古镇震泽公园王锡阐纪念馆（王锡阐墓及祠）师俭堂震泽文昌阁江苏省农机具博物馆