盱眙县博物馆1991年建馆，现有藏品3000多种，2002年又投入资金600万元建设新馆，新馆为水泥钢筋混凝土框架结构，现已建成并投入使用，年接待游客约30万人次。
博物馆整栋建筑分为两大部分，西部为博物馆，东部为图书馆，博物馆现实际占用面积为1200平方米，楼共有四层，一楼为库房和会议室，库房包括了精品库房、陶瓷器库房、综合库房、处理室、修复室和值班室；二楼为办公室和展厅；三楼为展厅，四楼办公室。
博物馆二楼为展厅的展览，以整齐的布展布展并向外开放，展览将主要会以汉文化为主，馆内珍贵藏品为“春秋吴国铜匜”、“西汉凫形白玉带钩”。
现拥有各类藏品2000多件（套），其中国家珍贵文物434件，以汉代玉器、漆器和青铜器最具特点，馆藏文物数量和珍贵文物数量在江苏省县级博物馆中位居前列。2007年到2019年博物馆先后举办《盱眙出土文物——两汉文物展》、《盱眙出土历代铜镜展》、《盱眙大云山出土文物展》、《伟人周恩来图片展》、《盱眙馆--代钱币展》、《盱眙馆藏古代酒具展》、《盱眙馆藏玉器精品展》、《东阳出土文物展》、《盱眙馆--铜器展》、《馆藏书画展》、《留住记忆——盱眙老北头民俗文化展》等专题展览。2008年1月1日起博物馆展厅实行免费对外开放，每年接待观众约4万人次，运行状况良好。