这个亭子因御碑而得名。乾隆皇帝六下江南，每次都会到嘉兴，为什么小小的嘉兴府对一朝国君有这么大的吸引力呢？
因为他对嘉兴的南胡也怀有一份特殊的感情，曾八次游览南湖，每次来都会赋诗留念，以记其游。湖心岛上共有两处御碑亭，分别是东御碑和西御碑。乾隆御碑高188厘米，宽80厘米，厚25厘米。
从碑上的诗可以看出：“不蓬莱岛即方壶，弱柳新夷清且都。烟态依稀如雨态，南湖消息递西湖。自宜春夏秋冬景，何必渔僬耕牧图。应放晴光补畴昔，奇遐毕献兴真殊。”
这首诗是乾隆第二次南巡（1757年）游南湖时，留下的诗句。他把烟雨楼比作蓬莱仙岛，把南湖比作杭州西湖，觉得天然美景足以畅怀，根本不需要什么“渔礁耕牧图”了。
乾隆前两次来南湖都是阴雨天，湖上烟雾迷茫，未能眺望远景，引以为憾。因此他在诗中还表露了盼望于晴天游览南湖的心情。
果然，他第三次来南湖时，天气放晴，碑背面的诗：“未年丑岁两经行，烟雨都逢副盛名。欲讶今番出新样，自过江后总开晴。柳丝地折腰舞，梅朵烘春笑口迎。更上高楼聊极目，水春近远望分明。”这次重游恰逢天气晴好，于是乾隆诗兴大发，挥毫写下了这首诗。乾隆驻跸南湖期间，先后赋诗15首。
乾隆对南湖烟雨楼的特殊感情还反应在他第五次南巡时，带去了烟雨楼阁，在承德避暑山庄青莲岛上豪银三万五千余两仿造了一座烟雨楼，取名“烟波致爽”。
乾隆六次南巡时间：第一次，乾隆十六年（1751年）；第二次，乾隆二十二年（1757年）；第三次，乾隆二十七年（1762年）；第四次，乾隆三十年（1765年）；第五次，乾隆四十五年（1780年）；第六次，乾隆四十九年（1784年）。