栖霞山千佛崖石窟是南京唯一的一处六朝佛教石刻遗迹。
栖霞山千佛崖位于栖霞山纱帽峰到虎山峰的山崖上。栖霞千佛崖造像始于南齐。相传当年明僧绍舍宅入寺后曾梦见栖霞西峰石壁有如来佛光彩，乃立志在此岩壁上开凿佛像，不料未及实施而终。其子临沂令明仲璋为实现父亲遗愿,出资鸠工,与法度禅师一起于南齐永明二年(484年)在西峰石壁上开凿佛龛镌刻佛像，即千佛崖上无量殿。无量殿的大佛造像设计人为齐梁时期建康著名的高僧僧佑(445-518年)，无量寿佛像坐身高三丈一尺五寸，总高近4丈。观音、势至两菩萨之像分侍左右两侧，各高三丈三尺，这三尊佛菩萨，合称"西方三圣"。因此该龛又称为"三圣殿"，俗称"大佛阁"。这三尊大佛和菩萨，体形巨硕，拔地参天，体现一种崇高庄严之美。无量殿前左右现有两尊接引佛是隋代的遗物，为民国时从舍利塔移至此地。接引佛，造型生动，神气十足，体现了江南艺术秀美典雅的作风。
梁大同二年(536年)千佛崖佛龛顶上突放光芒。传为佛祖显灵，于是齐梁两朝皇室、贵族竞相捐资在此凿石造像。至梁天监十年(511年)规模粗具，因时凡二十二年，形成石窟群。其建造年代早于洛阳龙门石窟而晚于大同云冈石窟。
石窟群自无量殿东去，山岩上及岩北侧，岭上岭下，依岩上高低，就石壁凿窟造像，有立有坐，大小各异，有的端庄浑厚、有的笑容可掬、有的神态虔诚、有的慈祥娴静，或五、六尊一龛；或七、八尊一窟，有十来尊一室者，亦有二十余尊一殿堂，风姿万千。龛内布局，或一佛二菩萨，或一佛一弟子。窟门两侧常有天王力士像，有的佛座下蹲有双狮，称狮子听道，佛像大者高达数丈，小者仅有盈尺。石窟佛龛平面多马蹄形。单室无前壁，穹窿顶，三壁环坛或正壁起坛敞口无门。部分石窟佛龛保存有明代的砖石门壁。一九二五年十二月著名考古学家向达先生通过实地调查，共统计出石窟佛龛294个，造像515尊。1994年12月南京市博物馆又进行重新调查共计大小石窟佛龛250个，造像520尊。号称"千佛"。这些石窟佛龛大小错落、点缀在石壁上，近看如龙宫凤阙，远望似蜂房鸽舍。景象蔚然壮观。
千佛崖因年代久远，风化剥蚀严重。一九二五年本寺住持若舜法师花了将近两年时间修补，由于缺乏石刻修复知识，采取的修补技术简单，仅用水泥涂缮佛身。结果，反使石刻之风采神韵尽失，以后又经"文革"浩劫，千佛崖受到严重摧残。佛像无一幸免，已无一尊完整之像，使这一瑰丽无匹的千年艺术宝库变得面目全非，艺术价值大减。但千佛崖石窟乃不失为现存最优美的南朝造像艺术品之一，至今仍保留有名人题刻，如山崖中道有南唐书法家徐铉、徐锴题名，虽经一千余年风雨剥蚀，但"螺篆"体的书法颇为引人注目。
明征君碑共33行，每行74字，内容记载千佛崖石窟的缘起和历程，碑文为唐高宗李治所撰，由高正臣行书书写。明征君碑是中国最早的行书碑之一，笔划圆润，结构严谨，艺术价值很高。该碑碑材为距今2．8亿年的海百合茎和中国孔珊瑚等浅海动物化石，是地质界罕见的化石标本，其地学价值也十分高。
2001年千佛崖石窟及明征君碑被国务院列入第五批全国重点文物保护单位。