云南提督府旧址位于大理古城复兴路南部西侧，西连博爱路、南连苍坪街、北至红龙井。明代为分巡迤西道署，清康熙二年(1663年)云南提督驻扎大理，建为云南提督衙门。
云南提督全称云南提督总兵官，从一品，节制临沅、鹤丽、普洱、开化、昭通、腾越六镇总兵，直接统辖提标左中右三营，兼辖楚雄协，武定、大理城守等营，是云南最高武官。云南提督下设中、左、右三营，辖马战兵九百名、步战兵二千一百名、守兵九百名。云南提督的设置标志着清初云南绿营兵制基本形成。云南提督是一省最高军事长官，肩负着维护清政府在云南边疆少数民族地区统治的主要职责，是领导“改土归流”的主要军事力量。清代二百五十年间，先后有五十多任提督驻守于此处理军务，居中驭外，运筹帷幄，为云南边疆的发展和巩固，国家的统一和安宁做出了积极的贡献。
1840年鸦片战争后，云南汉回地主和商人间因为兼并土地、争夺矿权的矛盾和冲突日益尖锐。清咸丰六年丙辰(1856年)滇西爆发了以杜文秀领导的反清农民起义。起义军攻占大理后，将云南提督府改为元帅府作为起义的指挥中心，直至同治十一年（1872）被清军镇压。起义失败后杜文秀元帅府恢复为云南提督衙门。
辛亥革命后，云南提督府旧址先后归腾大，楚大及滇西师管司令部管辖。1942年，楚大师管区司令赵诚伯曾在此接待国画大师徐悲鸿小住半月。1949年12月滇桂黔边纵七支队指挥部驻扎于此，指挥下属部队进驻滇西各地，肃清匪患，支援接管，建党建政，保卫地方，实现了大理的和平解放。后交由解放军第十四军管辖，1986年移交地方政府，建为大理市博物馆。
清初至今，历经岁月沧桑的提督府内的建筑已有不少改变，但仍保持原有格局，是国内保存较为完善的提督府历史建筑遗存。1986年大理市博物馆成立后，本着“保护为主，修缮为辅”的维修方针，先后修复、修缮了大门、紫禁门、大堂、议事厅及书房等建筑，建筑风格及格局基本保持原有的清代建筑风貌。1985年9月被大理市人民政府公布为第一批市级文物保护单位。1993年11月，被云南省人民政府公布为第四批省级文物保护单位。2019年10月被国务院公布全国重点文物保护单位。