剑湖位于我国西部候鸟迁徙的通道上，既是候鸟迁徙过境时的集结点和停歇地，又是迁徙水禽的越冬栖息地。不仅如此，剑湖湿地是一个物种丰富度较高，生活型较齐全，多样性较明显的高原淡水湖泊，仅水生维管束植物区系就有26科45属59种，其他动物如鸟类32科62属94种，约占云南省鸟类种数（810种）的11.6%，占全国鸟类总数约7.5%；鱼类3目4科14属15种；两栖动物1目7科4亚科13属13种；昆虫10目49科117种。在众多的物种多样性中，有许多是云南高原湿地或当地的特有种，诸如云南高原湖泊所特有的单子叶植物水鳖科的海菜花（Otteliaacumianta）；光唇裂腹鱼（Schizothoraxlissola-biatus）、云南裂腹鱼（S.yunnanensis）、后背鲈鲤（Percocyprispingi-retrodorslis）和剑湖高原鳅（Triplophysajianhuensis）4种为云南特有；剑湖高原鳅是八十年代才发现的新种，为剑湖特有。
剑湖湿地植被有4个植被型14个群系19个群落。剑湖所在地剑川是模式标本重要产地，初步统计，在剑川采集的模式标本有14种（亚种、变种）隶属13科。保护好剑湖、剑湖周围的森林植被以及玉华水库等湿地、水域，为候鸟提供一个安全有保障、自然环境优越、食源丰富的理想停歇地和顺利越冬的栖息环境，将对云南鸟类多样性保护起到十分重要的作用。