分布于兴化市境内垛田、林湖、城东、竹泓等各乡镇。核心保护区位于垛田镇东南部芦洲、征北及高家荡、杨家荡一带，总面积5000余亩。
兴化地处苏中里下河腹部，地势低洼，湖荡沼泽连绵，历史上由泻湖淤积而成。今垛田镇境内的耿家垛遗址及邻近的南荡遗址表明，早在新石器时代和先秦时期，种植业和垛田刍形已经出现。先民们为垦殖和抵御洪水灾害，在湖荡和沼泽处利用自然积土成丘，垒土成垛，与水争田。在水面上形成成千上万块形态各异、溪流回旋的岛状田块，称之为“垛”，又名“岸”、“葑”、“岛”等。
唐大历二年（767）常丰堰筑成后，由于劳动力增多、种植业发展，垛田大面积出现。宋元时期又在沼泽地用木桩、木架塞上泥土水草，覆盖土壤，形成架田（葑田）。明代以后逐渐固定、加高，在种植果蔬的同时，形成了“葑田凫唼唼，芦渚雁嗈嗈”的胜景，“昭阳十二景”中“十里莲塘”和“两厢瓜圃”由此得名。
建国后，由于里下河地区防涝抗旱能力增强，到1980年前后，境内大批垛田或被放平填河形成连片大田，或被削平取土制砖。同时也重新形成部分垛田，但高度明显放低。核心保护区的大面积垛田基本保持了原生态，形成了独特的文化景观，在国内已十分罕见，具有较高的历史文化价值、科学研究价值和开发利用价值。新华社原社长穆青先生曾断言：“（兴化）垛田是二十一世纪的旅游胜地”。
2009年，兴化市人民政府公布为文物保护单位；2011年，省政府公布为文物保护单位；2013年，农业部公布江苏兴化垛田传统农业系统为中国重要农业文化遗产；2014年，世界粮农组织公布兴化垛田为全球重要农业文化遗产。2019年10月7日，兴化垛田入选第八批全国重点文物保护单位名单。