丽江市博物院位于丽江古城黑龙潭公园北部，是2004年由丽江东巴文化博物馆与原丽江地区文物管理所合并组建的公益--业单位，肩负着收藏、整理、研究和宣传历史文物、传承和弘扬民族文化、保护管理丽江境内文物等多重任务。人才结构合理，具有良好的学术研究能力。博物院下设办公室、陈列宣教部、保卫部、文物保护管理部、产业开发部等部门。1993年被授予“全国十大地县级优秀博物馆”称号，1994年荣获“全国文化先进集体”称号，1997年列为“云南省爱国主义教育基地”。
博物院主要设有四大展厅，第一展厅主要展示纳西族起源，部分出土文物，东巴文化和东巴文化名家，三江并流及茶马古道沙盘和丽江民族服饰。第二展厅主要展出东巴教相关的法器，东巴圣地名村，东巴占卜方式，及纳西族传统木楞房展示。第三展厅主要展示东巴象形文字、东巴造纸过程、东巴经书在世界各地的收藏分布和纳西东巴祭风内容和形式。第四展厅以前展出纳西东巴教神路图和东巴法器及艺术，现在因与省外博物馆交流，故展出省外交流第的民族服饰服饰及文化。
博物院有一很大的四合院，院内墙上市场展出丽江书画名家作品。
每月第一个周和第三周的周一丽江市博物院闭关，其余时间开放。