墨脱自然保护区以保护完整的综合自然生态系统为目的，由聂拉藏布江流域自然保护区、德阳沟扭角羚（羚牛）保护点、布裙湖热带雨林自然保护点组成，属于国家级自然保护区。保护区内雅鲁藏布江下游水面海拔仅有几百米，然而在距离不到40公里的范围内，高差可达几千米，致使在很短的距离内产生从热带到寒带的自然景观和生物种属，形成一个巨大的动植物基因宝库，成为从北极寒带到我国海南热带的植被类型的缩影。保护区内无人居住。虽然当地群众有狩猎的习惯，但保护区内多悬崖峭壁与急流，难以进人，加之保护区边缘地带有专人管理，所以原始状态得到完好保存。
聂拉藏布江流域是墨脱自然保护区的主体，有众多的生物类型，还有特殊的地质构造和古冰川遗迹，具有原始状况非常完整的天然植被，复杂的自然条件使得这里的植物物种非常丰富，特有稀有种很多，近年来还不断发现新种属和新分布的科属，已发现有高等植物3000多种，占西藏植物数量一半有余。有受国家特别保护的稀有植21种，以墨脱命名的“模式种”植物40多种。保护区内森林茂密，是野生动物栖息活动繁衍的乐园，有着从南方热带到北方寒带的各个动物代表种。它们有的仅产于本区域，属于特别珍稀的动物。据粗略估计，被列为国家重点保护的珍稀动物可达40多种，有“天然动物园”的美誉。
布裙湖自然保护点位于聂拉藏布江流域自然保护区以南30公里，湖面约
100多公顷，周围山势较缓，湖面犹如璀璨的宝石嵌入热带常绿阔叶-中，碧绿的湖水与群山交相辉映，景色十分迷人。由于受湖水影响，常年比较湿润，山坡上生长着茂密的热带、亚热带植物，野生动物活动频繁，一年四季猿啼鸟鸣，各种鸟类资源异常丰富，最为典型的是国家一级保护对象--热带珍禽棕颈犀鸟。此外，据说这一带还是传说中野人经常出没的地方。
德阳沟担角羚自然保护点位于聂拉藏布江流域保护区以南50公里，努共河由北向东南纵贯其中，东西两面均以山脊外侧为界，每年冬季海拔40O0米以上绝大多数地区大雪封山，东西两侧由山上冰雪滑下后形成“冰墙”，只有东南部到雅鲁藏布汗边有出口，形成一个人然漏斗状，德阳沟保护点是扭角羚的“避难所”。